El 7 de enero de 1825, fue apresado por el general Juan Paz del Castillo, por cargos que Basadre sostuvo: "enemigo de aquél, deseoso de humillara al Perú, interpretó mal las razones de Guise y lo hizo apresar y lo puso incomunicado". Bolívar dio la orden de llevarlo a Cuenca, pero su estado de salud lo impidió. Luego fue llevado a Lima y el 5 de mayo de 1826 se le lleva a juicio y se le mantuvo preso. Cuando Bolívar se retiró del Perú, el Consejo de Guerra a cargo del juicio, ordenó la libertad el 26 de septiembre de 1826. Se le restituyó el cargo de Vicealmirante de la escuadra. Y; además, se mandó pedir "la satisfacción que merecen el agravio e insulto nacional hechos por el Gobernador de Guayaquil en su persona y la bandera de nuestra República". Fue el congreso de 1828 y la presidencia de La Mar, los que hicieron efectiva las resoluciones.
Cuando la guerra contra Colombia estalló en 1829, fue llamado nuevamente al servicio para que comande la marina peruana. Su expedición sostuvo victoriosos combates en la rada de Guayaquil logrando obtener la capitulación de la ciudad; sin embargo, el almirante Guise fue mortalmente herido mientras dirigía el ataque contra las defensas del puerto.
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